消毒柜通常有高溫消毒、臭氧消毒和紫外線消毒3種消毒方式，以及它們之間的組合消毒方式，消毒就是利用物理或化學方法殺滅清洗過的食具中病原微生物的過程。
電熱型消毒柜是利用高溫發揮殺菌作用。高溫對細菌有明顯的致死作用。細菌中的蛋白質因受熱而發生變性凝固，活性消失，代謝發生障礙，導致死亡。電熱型消毒柜的消毒溫度應≥100℃，消毒時間應≥15分鐘。
臭氧消毒柜是利用臭氧的強氧化性進行消毒。臭氧在常溫下為帶藍色的爆炸性氣體，有特臭，為已知zui強的氧化劑之一，是一種光譜殺菌劑。但是臭氧泄漏會危害人體健康，作業現場空氣中允許的閥限值為0.2mg/m3。所以臭氧型消毒柜需在保證臭氧不泄漏的情況下，保持柜內臭氧的濃度，以確保消毒效果。
臭氧加紫外線食具消毒柜是利用紫外線和臭氧作為消毒手段的消毒柜。消毒滅菌使用的紫外燈應是高臭氧紫外燈，紫外線的波長范圍是200～275nm ，其中殺菌作用zui強的波段是250～270nm。用于消毒的紫外燈在電壓為220V時，輻射的253.7nm紫外線強度應不低于70μW/cm2。紫外線輻射能量低，穿透力弱，僅能殺滅直接照射到的微生物，因此消毒時必須使消毒部位充分暴露于紫外線下。紫外燈同時產生臭氧，也起到殺菌作用。
